God of War III continua imediatamente onde God of War II acabou, com Kratos montado em Gaia e com ela e os outros Titãs escalando o Monte Olimpo de assalto aos deuses.
No topo da montanha, Hermes, Poseidon, Hades e Helios montam uma defesa. Depois de matar Poseidon, causando uma inundação maciça, Kratos e Gaia chegam em Zeus, apenas para serem derrubados do Monte Olympus por ele.
Quando Gaia tenta subir de volta, Kratos começa a escorregar para trás. Gaia diz que não pode ajudá-lo e que a guerra com os deuses Titãs é mais importante que a vingança de Kratos. Kratos cai de Gaia enquanto ela continua em subindo.
Durante a queda, Kratos e a Blade of Olympus são separados, com Kratos aterrisando no rio Estige. Quando ele nada até a praia, as almas do submundo tiram todos poderes e saúde de Kratos, com exceção do Tosão de Ouro e Asas de Icarus. As espadas de Athena também caem no rio. Emergindo do rio, Kratos encontra o fantasma de Athena, que lhe dá a Blades of Exile, em troca de sua confiança.
Mais tarde, Kratos recupera a Blade of Olympus e com Athena mais uma vez guiá-lo, ele sai em busca de Zeus. Emergindo do Submundo, depois de matar Hades, Kratos encontra Gaia, mandando-a para fora do Monte Olimpo.
No caminho, Kratos elimina Helios e Hermes, cujas mortes desencadeam calamidades fatais em todo o mundo. Depois de matar Hercules, Kratos descobre que a caixa de Pandora continuou a existir após seu encontro com Ares. Protegido pelo Flame of Olympus, seu conteúdo é ainda capaz de matar um deus. Kratos viaja para vários lugares para encontrar a chave para abrir a Caixa de Pandora, aprendendo mais tarde que Pandora é a chave e que só ela pode pacificar o Flame of Olympus.
Quando Hefesto descobre os planos de Kratos, envia-o em uma missão inútil para obter a Stone Omphalos de Cronos. Depois de matar os dois, Kratos vai até onde Pandora está mantida presa, o Labirinto, para salvá-la.
Kratos e Pandora saem labirinto onde ela estava sendo presa, para sua casa. Lá, eles encontram Zeus e Kratos ataca quando ele tenta parar Pandora. Depois de Kratos derrubar Zeus, Pandora sacrifica-se, extinguindo o fogo.
Kratos abre a caixa de Pandora, só para descobrir que está vazia. Furioso, Kratos encontra Zeus em uma varanda nas proximidades, onde novamente envolve-se em uma batalha. De repente, volta Gaia e os ataques a ambos. Para evitá-la, eles pulam dentro de Gaia através de um buraco perto de seu pescoço.
Dentro de Gaia, Kratos e Zeus batalham e termina com Kratos acertando tanto Zeus quanto o coração de Gaia com a Blade of Olympus, destruindo a Titan junto com Zeus, que aparentemente está morto.
No entanto, o espírito de Zeus ataca, deixando-o desarmado. Quando o espírito de Zeus está prestes a matá-lo, Kratos retira-se para dentro de sua própria psique. Lá, Kratos finalmente perdoa a si mesmo por seus pecados passados e aprende que a esperança é a sua arma mais poderosa.
O espírito de Athena aparece, exigindo Kratos dar-lhe a arma que tirou da caixa de Pandora. Ele responde que estava vazia, um fato Athena não pode acreditar. Athena explica que, quando Zeus prendeu o mal do mundo dentro da caixa, ela temia o que poderia acontecer caso viesse a ser aberto e colocou seu próprio poder dentro da caixa, a esperança.
Ela então percebe que, quando Kratos abriu a caixa ao derrotar Ares, o mal escapou e contaminou os deuses, enquanto que Kratos era dotado de poder de Athena. Athena novamente pede a Kratos o retorno de seu poder, acreditando que ela sabe a melhor forma de usá-lo para reconstruir o mundo. Em vez disso, Kratos tira a própria vida com a Blade of Olympus, liberando a energia para toda a humanidade a usar.
Enfurecida, Athena acha que o mundo não vai saber o que fazer com a esperança, e ela está desiludida com as ações de Kratos. No chão, numa poça de seu próprio sangue, Kratos ainda tem uma lenta respiração quando Athena vai embora, a câmera desaparecendo conforme os créditos começam.
No final dos créditos, Kratos já não está no local onde caiu, ao lado do Blade of Olympus, com apenas um rastro de sangue levando ao longo da borda do penhasco.
Fim. Fim???